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转基因与非转基因大豆油的区别主要是原料，一个是用了转基因的大豆，另一个是用了常规种植的大豆。转基因大豆最显著的一个特点就是可以抵抗杀草剂——草甘膦。草甘膦会把普通大豆植株和杂草一起杀死，但是却不能杀死转基因大豆植株。非转基因大豆是通过自然界的优胜略汰选择基因的变化而存在下来的。
除了上面所说的，其实它们的区别不大。这两种大豆油的味道是差不多的。即使是原料不同，但是由于在压榨的过程中只保留下大豆的油脂，其他成分（如DNA和蛋白质）都几乎被去除了。所以，这两种油的化学成分也是差不多的。
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